I got results of ASTAFUNK as following:

chr    gene_cluster    variant    acc    bitscore    start_seq    end_seq    start_genomic    end_genomic    first_source    last_sink    start_model    end_model    length_model    events

Analysing genes...

chr1    ENSG00000224051    1    ENST00000343938    PF08718.11    155.72849864147113    27    177    1262372    1263030    1262621    1263140    1    149    149    1],2]    1262851],1263140]    [ENST00000488011][ENST00000343938]

chr1    ENSG00000224051    1    ENST00000488011    PF08718.11-NO_CDS    0.0    0    0    1262621    1263140    1262621    1263140    0    0    0    null    null    null

chr1    ENSG00000169885    1    ENST00000307786;ENST00000378604    PF13499.6-NO_HIT    0.0    1;1    120;103    1846720    1848295    1846746    1847880    0    0    0    null;null    null;null    null;null

chr1    ENSG00000169885    2    ENST00000307786;ENST00000378604    PF13833.6-NO_HIT    0.0    1;1    102;85    1846720    1848241    1846746    1847880    0    0    0    null;null    null;null    null;null

chr1    ENSG00000169885    3    ENST00000307786;ENST00000378604    PF13405.6-NO_HIT    0.0    1;1    64;47    1846720    1847991    1846746    1847880    0    0    0    null;null    null;null    null;null

chr1    ENSG00000169885    4    ENST00000307786;ENST00000378604    PF00036.32-NO_HIT    0.0    1;1    58;41    1846720    1847973    1846746    1847880    0    0    0    null;null    null;null    null;null

chr1    ENSG00000187634    1    ENST00000341065;ENST00000455979    PF00536.30-NO_CDS    0.0    0;0    0;0    861322    879530    861322    879530    0    0    0    null;null    null;null    null;null

chr1    ENSG00000187634    1    ENST00000420190    PF00536.30-NO_HIT    0.0    1    180    861322    874672    861322    879530    0    0    0    null    null    null

chr1    ENSG00000187634    1    ENST00000437963    PF00536.30-NO_HIT    0.0    1    110    861322    871174    861322    879530    0    0    0    null    null    null

chr1    ENSG00000187634    1    ENST00000342066    PF00536.30    56.30120362198872    541    605    878692    879303    861322    879530    1    64    64    1[2^3-5^6-7^8-9],1[2^3-5^6-7^8-10^11-12^13-14],1[2^3-5^6-7^8-10^11-12^13-16^17-18^19-20^21-22^23-24^25-26^27-28^29-30],4[5^6-7^8-10^11-12^13-15^17-18^19-20^21-22^23-24^25-26^27-28^29-30],13-16^17-18^19-20^21-22^23-24^25-26^27-30]|1],2^3-4^5-6],2^3-4^5-7^9-10^11-12^13-14^15-16^17-18^19-20^21-22],2^3-4^5-8^9-10^11-12^13-14^15-16^17-18^19-20^21-22]|1],2^4-5^6-7^8-9^10-11^12-13^14-15^16-17],3^4-5^6-7^8-9^10-11^12-13^14-15^16-17],3^4-5^6-7^8-9^10-11^12-13^14-17]|0,1^2-    861322[861393^865535-865716^866419-866469^871152-871173],861322[861393^865535-865716^866419-866469^871152-871276^874420-874509^874655-874671],861322[861393^865535-865716^866419-866469^871152-871276^874420-874509^874655-874840^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879188^879288-879530],865692[865716^866419-866469^871152-871276^874420-874509^874655-874792^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879188^879288-879530],874655-874840^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879530]|871173],871276^874420-874509^874655-874671],871276^874420-874509^874655-874792^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879188^879288-879530],871276^874420-874509^874655-874840^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879188^879288-879530]|874671],874792^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879188^879288-879530],874840^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879188^879288-879530],874840^876524-876686^877516-877631^877790-877868^877939-878438^878633-878757^879078-879530]|,879188^879288-    [ENST00000437963][ENST00000420190][ENST00000342066][ENST00000341065][ENST00000455979]|[ENST00000437963][ENST00000420190][ENST00000341065][ENST00000342066]|[ENST00000420190][ENST00000341065][ENST00000342066][ENST00000455979]|[ENST00000455979][ENST00000341065,ENST00000342066]


I do not quite understand '-NO_CDS' and '-NO_HIT', such as 'PF08718.11-NO_CDS' and ' PF00036.32-NO_HIT'. Could you explain it in detail?




'

  • No labels

1 Comment

  1. Vitor Lima Coelho

    Hi, bioysu

    PF08718.11-NO_CDS: AStalavista in silico translation was not performed because the transcript does not have a valid CDS: CDS sequence is not multiple of three or it has a in-frame stop codon.

    PF00036.32-NO_HIT: it was expected a domain PF00036.32, but it was not predicted in the alternative splicing event region.

    more information can be found here 3.4 - Tool ASTAFUNK#3.4-ToolASTAFUNK(PredictionoffunctionaldomainsimpactedbyAS)-ProgramOutput